>>13668
Сезон 2006 года начался для Хуана Пабло тем, что он узнал о подписании контракта действующего чемпиона мира Фернандо Алонсо на выступления в составе McLaren в 2007 году. Из этого следовало, что команда сможет продлить контракт только с одним из её действующих гонщиков: Кими Райкконеном или Монтойей. Шансы Райкконена предпочтительнее ввиду лучших результатов, показанных финном за время его выступления вместе с Монтойей. Поэтому во многом дальнейшая карьера Монтойи зависела от решения Райкконена: останется он в McLaren или перейдёт в другую команду.

В ходе первых трёх гонок сезона-2006 Монтойя показывал слабые результаты. Ему не удавалось улучшить свою позицию со старта гонки на ГП Бахрейна и ГП Малайзии. Проблемы с двигателем не улучшали положения, не давая возможности развить высокую скорость на прямых.

В Австралии Монтойя провёл превосходную гонку, но допустил несколько критических ошибок. Его автомобиль развернулся на стартовой прямой после завершения формировочного круга, и если бы не Физикелла, двигатель которого заглох, Хуану Пабло пришлось бы стартовать с крайней линии стартового поля. В результате он все же стартовал со своей позиции, но случившийся инцидент не порадовал руководство команды. Гонка закончилась для Монтойи из-за отказа электроники в результате вылета.

На квалификации Гран-при Сан-Марино Монтойе пришлось использовать запасной автомобиль, потому что на его автомобиле возникли проблемы с давлением топлива. Двигатель с его автомобиля был переставлен на запасной и, таким образом, удалось избежать наказания в виде перемещения в зад на 10 мест на стартовой решетке. Хуан Пабло показал в квалификации 7-й результат, опередив партнёра по команде Кими Райкконена. В гонке не произошло ничего экстраординарного и Монтойя финишировал на третьем месте, впервые в сезоне поднявшись на подиум.

Гран-при Европы и Испании были разочаровывающими для Монтойи. На Нюрбургринге он квалифицировался девятым, но застрял позади трафика практически на всю гонку, пока за несколько кругов до финиша у него не сгорел двигатель. В Испании Хуан Пабло впервые в сезоне не смог попасть в квалификации в первую десятку — он показал лишь 12-й результат. С полными баками топлива и стратегией на один пит-стоп он надеялся на хороший результат, но его развернуло и он вылетел с трассы.

В Монако Хуан Пабло во второй раз в сезоне поднялся на подиум — он финишировал вторым позади чемпиона мира Фернандо Алонсо. Он стартовал с четвёртого места, но улучшил свою позицию из-за сходов едущих впереди него Марка Уэббера и Кими Райкконена.

В июле 2006 года Монтойя и директор команды Рон Деннис официально заявили, что Монтойя уходит из команды Макларен.