В итоге компании имеют возможность устанавливая график работы фиксированный, обходить запрет на штрафы, указывая в договоре возможность "коррекции вознаграждения". Так у некоторых компаний работая на их складе можно вообще уйти в минус по выплате. При этом если работаешь на складе так же, как работал бы штатный сотрудник, здесь могут усматриваться трудовые отношения. Оказывается такая ситуация что либо вообще больше трудовой договор не нужен потому что на тех же заводах можно просто начать платить не зарплату плюс премию за результат (за обработанный товар итд), а вместо этого просто как самозанятому платить только за одну единицу отработанного товара. При этом оставив график работы и ответственность, сотрудник теперь вообще сотрудником не считается, увольняется за 1 чек через "остановку доступа", и легализуются штрафы.

Эту практику сейчас берут колл-центры. Они уже даже не стесняются и не всегда платят за время обучения.
Хотя и трудовая функция присутствует (отвечать на звонки итд), что означает необходимость закрепления трудовых отношений трудовым договором, оформляется самозанятость и трудовые отношения прячутся под самозанятость. Сотрудник коллцентра работает на линии и получает "за сам процесс труда", а не "достигнутый результат". То есть у САМОЗАНЯТОГО не заказывают "халтурку" (типа убрать квартиру, принести вещь из пункта а в пункт б), вместо этого требуется чтобы САМОЗАНЯТЫЙ "был на линии" в коллцентре. Разумеется можно это выкрутить так что ты "беря трубку" берешь "звонок в работу" и поговорив с клиентом ты "оказываешь услугу по консультации". Но если так выкрутить, то получается что трудовые договоры ВСЁ

Трудовые отношения возникают на основании трудового договора. Но если он не был оформлен, то на основании фактического допущения работника к работе с ведома или по поручению работодателя или его уполномоченного на это представителя (ст. 16 ТК РФ).

Надо проверить, есть ли в ваших фактических договоренностях с помощником признаки трудовых отношений. Они установлены в статьях 15 и 56 Трудового кодекса РФ и разъяснены в постановлении Пленума ВС РФ от 29.05.2018 № 15:

Работодатель предоставляет работнику работу по обусловленной трудовой функции.
Работник лично выполняет трудовую функцию, а работодатель контролирует процесс и управляет им.
Работодатель обеспечивает условия труда.
Работодатель выплачивает работнику заработную плату.
Работник обязан соблюдать правила внутреннего трудового распорядка работодателя. Например, он должен присутствовать на работе или быть доступным для связи, если он выполняет работу удаленно, в определенные часы.

https://hh.ru/article/24870

Если сняться с учёта СМЗ, то работодателю придется самому платить налоги

Если заказчик продолжает платить самозанятому, об утрате статуса которого у них нет информации, возможны следующие последствия.

Во-первых, надо будет заплатить за него:

НДФЛ — 13%;
страховые взносы — 30%.
Во-вторых, если компания или ИП этого не сделают, то помимо доначисления налогов и взносов надо будет заплатить штраф и неустойку за всё время просрочки.

В-третьих, если выплаты самозанятому были неоднократными, налоговая может переквалифицировать договор гражданско-правового характера в трудовой. В этом случае будут пересмотрены все прежние отношения. Налоговая доначислит налоги и социальные взносы и потребует заплатить штрафы и неустойку по всем договорам, ранее заключённым с этим специалистом.

https://qugo.ru/blog/skolko-biznes-poteryaet-deneg-esli-samozanyatyj-utratil-status